0133 UC, 10 năm đã trôi qua từ khi lực lượng chống đối vũ trang , Crossbone Vanguard thất bại. Tobia Aronnax là một lưu học sinh trên đang trên tàu không gian Smashion trong cuộc hành trình tới Sao mộc. Trên đường, cậu đã chạm trán phải một cuộc tấn công đầy bất ngờ bởi một nhóm cướp biến không gian tự xưng mình là Crossbone Vanguard cùng với việc xuất hiện những bí ẩn đằng sau con tàu Smashion và Sao Mộc. Số mệnh của cậu được định sẵn là người được chọn để lái một trong 3 Crossbone Gundam mạnh mẽ nhất.