Câu chuyện xảy ra giữa dòng thời gian Kingdom Hearts và Kingdom Hearts II , Sora đã sử dụng Keyblade để giải phóng trái tim của Kairi, nhưng trái tim cậu cũng giải phóng. Điều này mang lại sự tồn tại của Roxas, Nobody của Sora. Tuy nhiên, không giống như hầu hết các Nobody, Roxas không có ký ức về quá khứ của mình. Cậu ấy tham gia Oragnization XIII và dần dần bắt đầu khám phá ra sự thật đằng sau sự tồn tại của bản thân và chính Tổ chức. Cậu gặp và kết bạn với thành viên thứ 14 của Tổ chức, người cũng không có hồi ức về quá khứ. Roxas sẽ tìm gì trong thời gian ở Tổ chức? Mối liên hệ giữa cậu ấy, Sora và thành viên thứ 14 là gì? Và những gì trở thành của họ? Đi sâu vào trung tâm bí mật lớn nhất của cốt truyện Kingdom Hearts.