Câu chuyện bắt đầu bằng một mô tuýp quen thuộc : Một cô gái bình thường nhưng "khác người" ở một số đặc điểm nhất định gặp một anh chàng điển trai nào đó đến cứu. Sau này họ trở thành bạn và cùng chung sức chiến đấu chống lại cái ác. Đó là một mô tuýp thường thấy ở các Manga, tuy nhiên Venus Versus Virus không chỉ có thế... Điều khá thú vị ở Manga này là người cứu cô bé ấy là một... cô gái.