Câu chuyện trong Steins;Gate diễn ra tại Akihabara kể về một nhóm người đã thành công trong việc biến lò vi sóng thành một thiết bị có thể gửi thông điệp về quá khứ. Trong lúc họ tiến hành các thí nghiệm khác nhau, SERN - một tổ chức chuyên nghiên cứu về du hành thời gian - lùng bắt họ và giờ họ phải tìm cách thoát khỏi sự truy đuổi của SERN.